Docteur en musicologie et titulaire de quatre premiers prix au Conservatoire national supérieur de musique et de danse de Paris (histoire de la musique, esthétique, musicologie, pédagogie de la flûte), Emmanuel Hondré a d’abord été professeur (flûte traversière, histoire de la musique) avant d’intégrer la Cité de la musique, d’abord comme Rédacteur musical (1997), puis comme Responsable du Service des activités culturelles du Musée de la musique (2002) et enfin comme Directeur de la production des concerts (2004). Aux côtés de Laurent Bayle, il élabore les saisons musicales de la Philharmonie de Paris.